Table 4 Primer sequences and specific thermal cycling conditions used for the PCR reactions
Assay target | Primer sequence (5’→3’) | Thermal cycling conditions | Product size bp | Reference |
|---|---|---|---|---|
GPV detection | F: ACC GGA AGT CAC GTG AC | 50 °C–2 min, (95 °C–10 min, 94 °C–15 s, 60 °C–1 min) x 40 | 123 | [12] |
R: GTT CGT TCG TTC GAA CC | ||||
Probe: 6-FAM ACC GGA AGC AyG TGA CCG GAA TAMRA(Q) | ||||
GHPV detection | F: ACC CGT GCT TCC ATT CAC AA | 95 °C–3 min, (94 °C–20 s, 62 °C–30 s, 72 °C–20 s) x 30, 72 °C–3 min | 379 | [2] |
R: CTG CTC CCC AAA CCT GTC AA | ||||
GoCV detection | F: TAA ATG CGA GTT TGA TGT GTC T | 95 °C–3 min, (94 °C–20 s, 60 °C–30 s, 72 °C–20 s) x 30, 72 °C–3 min | 565 | [42] |
R: CAT TTA ACC CCT TCC AAA GAG T | ||||
GPV sequencing | F: TTG CGA TTC CCA ATG GAT G | 98 °C–3 min, (98 °C–10 s, 61 °C–20 s, 72 °C–1 min) x 40, 72 °C–5 min | 1171 | [49] |
R: CCC AAA TAG GTC CCT GTA GAT A | ||||
GHPV sequencing | F1: GGA TGC TGC CTC TAA TTC TA | 98 °C–3 min, (98 °C–10 s, 55 °C–20 s, 72 °C–1 min) x 40, 72 °C–5 min | 1232 | [26] |
R1: CGC AGT TAA TCA GCT TAC AA | ||||
F2: GCC CCT ACT ATG AAG GAT CT | 1290 | |||
R2: GGC TAA AGC CAT TAT CAG TG | ||||
GoCV sequencing | F1: CGT CCG ATG TGT AGC CTT CGT | 98 °C–3 min, (98 °C–10 s, 57 °C–20 s, 72 °C–1 min) x 40, 72 °C–5 min | 1091 Nucleotide position 1-930 and 1661–1821 | This study |
R1: CAT AAA CTC GGG GGC GGG TG | ||||
F2: TAA ATG CGA GTT TGA TGT GTC T | 98 °C–3 min, (98 °C–10 s, 60 °C–20 s, 72 °C–1 min) x 40, 72 °C–5 min | 564 Nucleotide position 837–1400 | [42] | |
R2: CAT TTA ACC CCT TCC AAA GAG T | ||||
F3: GCC CAG TCC ATT GTC CGA ATC | 98 °C–3 min, (98 °C–10 s, 57 °C–20 s, 72 °C–1 min) x 40, 72 °C–5 min | 749 Nucleotide position 1020–1768 | This study | |
R3: GCC CAT CAT GCC GCT GTA TCG |